プログラムは著作物になり得るため、著作権の発生・帰属は著作権法で考えます。開発費を支払っただけで発注者へ当然に著作権が移るわけではありません。
委託開発では作成側が権利者となるのが基本で、必要な移転や利用許諾を契約で定めます。代金の支払条件の規制や営業秘密保護とは別の論点です。