S/MIMEは電子メールの暗号化やデジタル署名を扱います。本文や添付内容を暗号化し、意図した受信者が復号できる形で送る用途に合います。
IMAPはメールの管理・受信、APOPは認証の方式です。SSLは通信区間の保護に関わり、メール本文を受信者だけが復号する仕組みとしてはS/MIMEを選びます。